Фамилия Вовденко образована по типичной для украинских фамилий модели: к основе прибавляется суффикс -енко, который в XVI–XVII веках означал «маленький» или «сын». В данном случае — «сын Вовди». Разберемся, откуда взялось само прозвище Вовдя.

Первая и самая конкретная версия — профессиональная. Прозвище Вовдя могли дать человеку, который «вдевает» нитку, то есть портному или швецу. Глагол «вдеть» («вдевать») в словаре Даля описывается как «вдергивать, вставлять что-либо в узкое отверстие и протягивать в него». Работа портного в старину была востребована в каждом селе и городе, поэтому прозвище, образованное от ключевого действия ремесла, было естественным и понятным окружающим.

Вторая гипотеза ведет нас к украинскому наречию «вдень» (или «удень»), что значит «днем, в дневное время». В этом случае прозвище Вовдя могло быть внутрисемейным именем для ребенка, родившегося в светлое время суток. Такие «календарные» прозвища по времени рождения встречаются в разных культурах.

Суффикс -енко в фамилии Вовденко указывает на ее украинское происхождение и на то, что закрепилась она, скорее всего, на территории Левобережной или Слободской Украины, где эта модель была особенно распространена среди казачества и крестьянства. В официальных документах прозвище Вовдя постепенно вытеснило крестильное имя предка, и наследственное именование закрепилось за родом уже в форме Вовденко.