Фамилия Вовоненко — один из тех случаев, когда на слух она звучит как типичная украинская, но при ближайшем рассмотрении её корень оказывается довольно редким и неочевидным. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать суффиксальную модель. Формант -енко — классический украинский патронимический суффикс, указывающий на потомка по отцу («чей?» — Вовоненко, то есть сын Вовона). А вот с основой «Вовон» всё сложнее.

Первая и самая вероятная версия: основа происходит от украинского слова «вовк» (волк), но с характерным чередованием и смягчением. В диалектах и разговорной речи «вовк» могло трансформироваться в «вовон» — как ласкательное или уменьшительное прозвище (ср. с русским «волчонок»). Таким образом, прозвище Вовон мог получить человек, похожий на волка внешне (серый, лохматый) или по характеру (угрюмый, одинокий, хитрый). Это типичное для славянской ономастики «звериное» прозвище, которое потом закрепилось за его детьми.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование: Вовон — это народная форма крестильного имени Владимир (через сокращение Вово, Вова). В украинских говорах имя Вова иногда приобретало суффикс -он: Вовон. Тогда фамилия Вовоненко дословно означает «внук (или сын) Вовона», то есть потомка человека по имени Владимир. Этот путь образования (от разговорной формы имени) встречается в украинских фамилиях реже, чем от прозвищ, но он вполне логичен.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -енко является абсолютным лидером. В России она встречается спорадически, чаще всего среди потомков переселенцев с Украины. Сословно, скорее всего, предки были крестьянами или казаками — именно эти группы населения активнее всего использовали патронимическую модель на -енко для закрепления родового имени.

Спорных моментов здесь немного: корень не тюркский и не балтский, он очевидно славянский. Единственная альтернатива — связь с глаголом «вовоняти» (вонять), но она маловероятна: прозвища с негативной физиологической окраской в основе фамилий встречаются, но обычно они более грубые и прямые, а не с уменьшительным суффиксом. Правдоподобнее всего «волчья» версия — она хорошо вписывается в ряд фамилий Волков, Вовк, Вовченко и их диалектных вариантов.