Фамилия Войгеница — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые попытки вывести её из славянского или балтского имени. Скорее всего, это не русская и не польская фамилия в привычном понимании, а топонимическая, то есть образованная от названия места. Основа «Войгениц-» с суффиксом «-ица» характерна для восточнославянских фамилий, указывающих на выходца из определённого села или деревни. В данном случае напрашивается прямая параллель с населёнными пунктами Войгеница (Войгеницы) в Беларуси — такие названия встречаются в Гродненской области. Если предок носителя фамилии был оттуда родом, то его прозвище «Войгениц» или «Войгеница» означало «тот, кто из Войгеницы».

Что касается самого корня «Войген-», его происхождение спорно. Можно выделить две основные версии. Первая — антропонимическая: от имени собственного. В белорусской и польской ономастике встречается имя Войген (уменьшительное от Войцех или от балтского Войдас/Войгин). В таком случае фамилия Войгеница — это патроним с суффиксом «-иц(а)», что буквально значит «сын (или потомок) Войгена». Вторая версия — апеллятивная: от слова «войг» или «войга», которое в некоторых говорах означает «крик», «шум» или «плач». Тогда прозвище Войгеница могли дать человеку крикливому, плаксивому или, наоборот, громогласному. Однако эта версия менее убедительна, так как подобные прозвища обычно образуются через суффикс «-ун» (Войгун, Крикун), а не через «-ица».

Суффикс «-ица» в фамилиях — штука редкая. В русских фамилиях он чаще встречается в женском варианте (например, Кузнечиха от Кузнец), но в мужских фамилиях типа Войгеница он указывает на прозвище, которое закрепилось за родом. Это не типичная модель на «-ов» или «-ин», что делает фамилию более древней по форме и менее распространённой. В польском языке аналогичная модель дала бы фамилию Войгеницкий, но в белорусском и украинском варианте «-ица» — норма.

Подводя итог: скорее всего, носитель фамилии Войгеница — потомок человека из села Войгеница (Гродненщина) или, чуть реже, сын человека по имени Войген. Оба варианта укладываются в рамки восточнославянской ономастики XIX века. Сословное происхождение, скорее всего, крестьянское или мещанское — дворянские фамилии с таким корнем и суффиксом в источниках не фиксируются.