Фамилия Вудинский — редкий случай среди русских фамилий на -ский, где основа обычно указывает на географическое название или профессию. Здесь корень «Вуд-» с высокой вероятностью не славянский, а заимствованный, и это сразу выделяет фамилию из ряда типичных «дворянских» или «семинарских» образований.

Самая прямая версия — английское или немецкое происхождение основы. Английское «wood» (лес, дерево) или немецкое «Wald» (лес) в адаптированной форме «Вуд» могло стать прозвищем или фамильным именем для иностранца, который обрусел. Суффикс -инский, характерный для польской шляхты и русских семинаристов, добавляли к таким основам при «обрусении» фамилии: например, немец Вуд становился Вудинским. В таком случае предок мог быть выходцем из Западной Европы, поселившимся в Российской империи, — лесником, плотником или просто человеком, жившим у леса.

Менее вероятная, но возможная версия — топонимическая. В славянских языках встречается корень «вуд-» в значении «вода» (сравните с литовским «vanduo»), но для русских земель это нетипично. Если допустить, что фамилия образована от названия речки или урочища Вуда, то суффикс -ский указывает на владельческий характер: «Вудинский» — тот, кто владел землей у Вуды. Однако документальных подтверждений существования такого топонима в центральной России нет.

Интересно, что фамилия почти не встречается в исторических переписях крестьян и мещан — это косвенно говорит о её позднем происхождении, скорее всего, в XIX веке. Сословно носители могли быть из числа обрусевших иностранцев, принявших православие, или из духовенства, где фамилии на -ский были нормой. Ударение, судя по аналогиям (Лудинский, Судинский), падает на второй слог: Ву́динский.

Таким образом, основная версия — фамилия-«пришелец», образованная от западноевропейского корня с помощью русского суффикса, что делает её уникальной по словообразовательной модели среди русских фамилий.