Фамилия Вуквутагин — редчайший случай в русском ономастиконе. Её происхождение почти наверняка не славянское, а северное, скорее всего, самодийское или тунгусо-маньчжурское. Основа «вукву» может восходить к ненецкому или эвенкийскому слову, означающему «камень» или «скала» (ср. ненецкое «вэʼ» — камень, в диалектах — «вук»). Вторая часть «тагин» — вероятно, суффиксальный показатель принадлежности или локатив, то есть «каменный», «скалистый», либо «тот, кто с камня/у камня». Таким образом, исходное прозвище могло указывать на место жительства у скалистого берега или на особенность ландшафта.

Словообразовательная модель фамилии необычна: суффикс «-ин» здесь, скорее всего, не русский патронимический, а заимствованный или адаптированный. В русской традиции фамилии на «-ин» образуются от основ на «-а/-я» (Петров — Петра, но Иванов — Ивана). Здесь же основа «Вуквутаг» — цельное слово, к которому прирастили «-ин» по аналогии с привычными фамилиями. Это типично для народов Крайнего Севера и Сибири, где в XIX–XX веках при переписях русские чиновники «русифицировали» местные имена, добавляя стандартные суффиксы.

Географически фамилия должна быть привязана к зоне расселения ненцев, энцев, нганасан или эвенков — вероятно, к Таймыру, Ямалу или низовьям Енисея. Встречаемость её крайне низкая, в открытых базах данных она практически не фиксируется. Это не фамилия дворянского или купеческого сословия — её носители, скорее всего, потомки оленеводов, охотников или рыбаков, чьи предки получили фамилию при советской паспортизации 1930-х годов.

Сравнение с однокоренными формами затруднено: в русском языке аналогов нет. Можно предположить, что в исходном языке слово «вуквутагин» могло быть не прозвищем человека, а названием урочища, речки или сопки. Тогда фамилия — топонимическая, по месту, откуда родом первый носитель. Споров о происхождении нет, так как альтернативные версии (например, тюркская или финно-угорская) слабее: ни в одном из этих языков нет сочетания «вкв» в начале корня.