Фамилия Вуйнова — женская форма, а её мужской вариант Вуйнов. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Вуй, а оно восходит к древнерусскому слову «вуй» или «уй». Это слово означало «дядя по матери», то есть материн брат. В старину такое родство выделяли особо: «вуй» считался близким и уважаемым человеком, нередко именно он брал на себя заботу о племянниках, если те теряли отца. Прозвище Вуй могли дать либо за сходство с таким дядей, либо человеку, который жил с матерью при её брате, либо просто как ласковое обращение.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -й добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Вуйнов буквально — «сын Вуя» или «из семьи Вуя». Интересно, что слово «вуй» — общеславянское, но в русском языке оно довольно рано вышло из активного употребления, сохранившись в основном в говорах и в родственных славянских языках (например, в украинском «вуйко» — дядя). Поэтому фамилия Вуйнов встречается нечасто и имеет отчётливый диалектный оттенок.

По географии фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, а также к украинскому пограничью, где слово «вуй» звучало привычнее. Встречается она и в старых писцовых книгах, и в современных справочниках, но всегда в небольшом количестве. Это не «столичная» фамилия, а скорее крестьянская или посадская, возникшая в среде, где родственные прозвища были в ходу.

Споров вокруг этимологии почти нет. Версия, что основа может быть связана с глаголом «выть» или звукоподражанием «ву-ву», маловероятна: суффикс -ов при таких основах дал бы формы Вытов или Вуков. Ономасиологи (в частности, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») прямо указывают на «вуй» как на источник. Так что, скорее всего, предки носительницы фамилии Вуйнова были людьми, которых в округе знали по родственной связи с материнским дядей или по прозвищу, закрепившему это родство.