Фамилия Выкресе — редкий случай, когда в основе лежит не профессия, не место жительства и не мирское имя, а религиозно-бытовой термин, причем с яркой экспрессивной окраской. Корень здесь — «выкрест», то есть человек, перешедший в православие из другой веры (обычно из иудаизма). В среде старообрядцев и консервативного православного духовенства слово имело пренебрежительный оттенок, но в официальных документах XIX века употреблялось нейтрально как обозначение факта крещения.

Словообразовательная модель нестандартна. Большинство русских фамилий на -ов/-ев образованы от имени или прозвища отца: Выкрестов — «сын Выкреста». Форма Выкресе встречается реже и, скорее всего, возникла из родительного падежа в украинской или южнорусской традиции, где фамилии на -е (Выкресе) фиксировали принадлежность: «чей? — Выкресев» (ср. аналогичные формы вроде Ковале, Пономаре). В северных и центральных губерниях такое окончание почти не встречается, поэтому географически фамилия тяготеет к Черниговщине, Полтавщине, Курской и Воронежской областям.

Сам прозвищный предок мог быть либо действительно выкрестом, либо получить такое прозвище из-за особого усердия в обращении иноверцев, либо — в насмешку от соседей. Важно, что в крестьянской среде XVIII–XIX веков прозвище «Выкрест» не обязательно указывало на этническое происхождение: его могли дать за смуглую кожу, кудрявые волосы или просто за «неправославное» поведение, показавшееся односельчанам подозрительным.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) форма Выкресе не упоминается как отдельная статья, но логика её образования полностью укладывается в модель украинских фамилий на -е от прозвищ на -ст. В отличие от более частого варианта Выкрестов, носители фамилии Выкресе почти всегда имеют корни в тех регионах, где украинское влияние смешивалось с великорусским, — на стыке современных Брянской, Сумской и Белгородской областей.

Сейчас фамилия крайне редка. Встретить её можно в основном в базах данных по югу России и востоку Украины. Несмотря на одиозное звучание исходного слова, сама фамилия — лишь документальный след сословной и религиозной истории, где «выкрест» был юридическим статусом, а не оскорблением.