Фамилия Выпедики — редкий случай, когда прозвище или профессия предка застыла в форме множественного числа. В русской ономастике фамилии на -их/-ых (Выпедики, Косых, Черных) типичны для северных и северо-восточных регионов — Архангельской, Вологодской, Вятской губерний. Они отвечали на вопрос «чьи вы?»: Выпедики — «из семьи Выпедика». Такая модель указывала на принадлежность к роду, а не на отдельного человека.

Основа фамилии — «выпедик». Скорее всего, это профессиональное прозвище пекаря, того, кто «выпекает» хлеб. Диалектное слово «выпек» (выпечка, хлеб) встречается в северных говорах, а суффикс -ик придаёт оттенок действия или лица: «выпедик» — тот, кто занят выпечкой. Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «выпедить» — в некоторых говорах так говорили о выгонянии, выпроваживании кого-то (от «педить» — гнать). Однако для прозвища, давшего фамилию, ремесленная версия убедительнее: хлебопечение было важным и уважаемым делом в крестьянском быту.

Ударение в фамилии, судя по окончанию, падает на последний слог: Выпедики́. В письменных источниках XIX века такая фамилия могла записываться через «и» или «ы» на конце — «Выпедикы», в зависимости от местной традиции. Носители фамилии, вероятно, происходили из семей потомственных пекарей или хлебопашцев, а сама фамилия сохранила архаичную грамматическую форму, редкую для южных и западных регионов России.