Фамилия Вышаковская — вариант женского рода от Вышаковский, а та, в свою очередь, образована от топонима с суффиксом -ск-. Такая модель типична для польской, украинской, белорусской и западнорусской шляхты: она указывала на родовое поместье или место, откуда человек родом. Основа «Вышак» или «Вышаково» — название села, хутора или урочища. В основе лежит либо прозвище Вышак (от «высокий», «вышагивать» — ходить широко, важно), либо прилагательное «высокий» в значении «расположенный на возвышении».

Самый прозрачный вариант: предок носителя фамилии владел землёй или жил в населённом пункте Вышаково. Такие названия встречаются в России и Беларуси — например, деревня Вышаково есть в Смоленской области, а Вышаки — в Ленинградской. Если фамилия польского происхождения (окончание -ский типично для польской шляхты), то корень мог восходить к слову «wysoki» (высокий) или к имени Вышек — уменьшительной форме от Вышеслав.

Менее вероятная, но возможная версия: фамилия образована от прозвища Вышак, которое давали высокому, долговязому человеку. Тогда суффикс -овск-/-евск- работал как усилитель принадлежности: «сын Вышака» → Вышаковский. В этом случае фамилия — вторичная, то есть сначала возникло прозвище, потом фамилия на -ов, а затем её «одворянили» приставкой -ск-, что нередко делали при получении дворянства или при переезде.

Фамилия редкая. В современных базах данных носители встречаются в основном в западных регионах России (Смоленская, Псковская области) и в Беларуси. Женская форма Вышаковская закрепилась как стандартное окончание для замужних женщин в этой фамильной модели.