Фамилия Вытоптов — один из тех редких случаев, когда прозвище застыло в почти неизменном виде, сохранив глагольную основу. В её центре — древнерусское слово «вытоптать». Прозвище Вытопт или Вытопта могли дать человеку по разным причинам: либо за манеру ходить тяжело, топая, либо за неаккуратность в хозяйстве (вытоптал посевы, луга), либо, в переносном смысле, за грубый, «топчущий» характер. Модель образования проста: к основе глагола добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Вытопта»), так что фамилия буквально значит «Вытоптов сын».

Интересно, что фамилия не получила распространения в центральных и южных губерниях, где чаще встречаются однокоренные Топталов, Топтунов или Вытоптанов. Вытоптовы — явление северное. По данным переписей и метрических книг XIX века, основное гнездо фамилии — Вологодская губерния, особенно Тотемский и Вельский уезды. Там, в лесной и болотистой местности, прозвище могло относиться к человеку, который прокладывал тропы по топям, «вытаптывал» дорогу. Встречается фамилия и в соседней Архангельской губернии, но уже реже.

Редкая фамилия, но не единичная: в современных базах данных числится несколько сотен её носителей, и география по-прежнему тяготеет к Русскому Северу. Вариант написания с буквой «ы» в корне — исторически точный, передающий древнее произношение глагола «вытоптати». В документах XIX века изредка встречается написание «Вытаптов», но оно считается ошибкой писаря, поскольку ударение в исходном слове падало на корень, а не на суффикс.

Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано: Вытоптовы — почти поголовно крестьяне и мещане. В метриках попадаются плотники, рыбаки, извозчики. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не известно, что только подтверждает её чисто прозвищное, бытовое происхождение.