Фамилия Выцквыа — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью скрывает произношение и происхождение. Скорее всего, перед нами искажённая запись фамилии, возникшая при переписи или в документах. В русском языке нет корней «выцкв» или «выц», а сочетание «квыа» на конце нетипично для фамилий на -ов/-ев или -ин. Вероятнее всего, исходная фамилия звучала как Выцков, Выцкий или Выцка, а конечное «-ыа» — это либо описка, либо попытка записать диалектное произношение (например, «Выцква» с ударением на первый слог, где «а» — остаток от суффикса прилагательного).

Если отбросить искажённое окончание, основа «Выцк-» может восходить к прозвищу или имени. В ономастике известна фамилия Выцкий, которая, по версии исследователя Б. Унбегауна, образована от топонима — названия населённого пункта вроде Выцк или Выцка. Такие названия встречались на западе России, в частности в бывших польских и литовских землях, где «выц» могло быть вариантом слова «выть» (часть земли, надел) или производным от личного имени Вит (Витослав, Витольд). Другая версия: основа «Выц-» — это сокращённое «Высоцк-» (от Высоцкий), где в просторечии выпал слог «-со-». Тогда Выцквыа — это искажённый вариант фамилии Высоцкий, записанный на слух малограмотным писарем.

Географически фамилии с редким сочетанием «-цкв-» встречаются в основном среди потомков крестьян и мещан западных губерний Российской империи (Витебской, Могилёвской, Смоленской). Там же фиксировались фамилии на «-ов» с необычными окончаниями из-за влияния белорусского и польского языков. Например, белорусская фамилия Выцко (от имени Вит) при русификации могла превратиться в Выцков, а затем в Выцквыа из-за ошибки переписчика.

Таким образом, носитель фамилии Выцквыа почти наверняка имеет предков из западнорусских или белорусских земель, а сама фамилия — результат канцелярской ошибки при записи прозвища или фамилии с корнем «Выц-» (от имени Вит, от «выть» или от названия деревни). Восстановить точный вариант без архивных документов сложно, но наиболее вероятные исходные формы — Выцков или Выцкий.