Фамилия Яанус — редкий для России случай, когда фамилия не переделана на русский лад, а сохранила эстонское звучание. В основе лежит личное имя Яан — эстонский вариант имени Иван, восходящего к древнееврейскому Йоханан («Яхве (Бог) смилостивился»). Таким образом, буквально Яанус означает «Яанов», то есть потомок или сын человека по имени Яан.

Словообразовательная модель здесь — эстонский суффикс -us, который в фамилиях выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: указывает на принадлежность роду. Встречаются и другие варианты той же основы: Яансон (буквально «сын Яана»), Яанович (русифицированная форма). Фамилия Яанус — более краткая и, вероятно, более старая по типу образования.

Географически фамилия привязана к Эстонии и северо-западным территориям бывшей Российской империи, куда эстонцы переселялись или где служили. В русских документах XIX — начала XX века фамилию могли записывать на слух, отсюда возможны варианты Яанус, Яануз, Яанусс. В самой Эстонии фамилия не входит в число самых распространённых, но встречается стабильно, особенно в уездах, граничащих с Чудским озером.

Социально носители фамилии — потомки эстонских крестьян или горожан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В советское время, при паспортизации и русификации, часть Яанусов могла сменить фамилию на более привычную — Иванов, Янов или Яковлев, поэтому сегодняшние носители — это, скорее всего, потомки тех, кто сохранил исходную форму.