Фамилия Ябонутикова — редкий случай, когда написание подсказывает больше, чем звучание. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ик- внутри основы. В русских фамилиях он встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, образованное через уменьшительную или пренебрежительную форму. Если бы фамилия звучала как Ябонутов, мы бы имели дело с типичным патронимом от прозвища на -ут (вроде Толстут, Горбут). Но суффикс -ик- превращает основу в Ябонутик — скорее всего, так дразнили человека маленького роста, с каким-то заметным изъяном или просто с необычной внешностью.

Корень фамилии, скорее всего, тюркский или искажённый славянский. Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «ябун» (или «ябын») — в ряде тюркских языков это означает «покрывало», «попона», а в переносном смысле — «неуклюжий», «мешковатый» человек. В диалектах Казанского ханства и южнорусских степей такое прозвище могли дать медлительному, неповоротливому крестьянину или пастуху. Менее вероятная версия — связь с русским диалектным «ябонда» (болтун, пустомеля), но эта гипотеза слабее, так как слово почти не зафиксировано в письменных источниках.

Модель образования проста: прозвище Ябонутик (человек, похожий на ябуна или имеющий черты, названные этим словом) → фамилия Ябонутиков (чей? — потомок Ябонутика) → женская форма Ябонутикова. Фамилия могла сложиться в среде крестьян или однодворцев южных губерний России — Тамбовской, Воронежской, Саратовской, где тюркские заимствования в прозвищах были обычны.

Географически фамилия крайне редкая. По данным современных телефонных справочников, носители Ябонутиковых встречаются единично в Центральной России и на Урале, что может указывать на миграцию в XVIII-XIX веках. В дореволюционных метрических книгах фамилия почти не прослеживается — возможно, она возникла поздно, в результате канцелярской записи прозвища, которое до того бытовало только в устной речи.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ябуров, Ябутов, Ябутин) показывает, что все они тяготеют к Поволжью и Приуралью. Ябонутикова — самая редкая в этом ряду, что говорит о локальном происхождении: прозвище дали в одной конкретной деревне и закрепили за одной семьёй, а не за целым родом.