Фамилия Яфоаи — редчайший случай в русском ономастиконе. Она не укладывается в привычные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский, и её основа не имеет славянских корней. С высокой вероятностью, это фамилия иноязычного происхождения, адаптированная при записи в русских документах.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия застыла в форме, близкой к исходному звучанию, без добавления типичных русских суффиксов. Окончание -и может быть как переосмысленным русским окончанием множественного числа (как в фамилиях типа Черных, Косых), так и частью оригинального корня.

Наиболее правдоподобная версия связывает Яфоаи с грузинским или мегрельским языками. В грузинском распространены фамилии на -ия, -ава, -дзе, но встречаются и более короткие формы. Корень может восходить к личному имени или прозвищу. Например, грузинское «яфа» (იაფა) означает «дешёвый», «недорогой». Прозвище Яфа могли дать человеку неприхотливому в быту, нестяжателю или, наоборот, тому, кто торговал по низким ценам. Суффикс -аи или -ои в грузинском языке может указывать на принадлежность («из рода Яфа»). Таким образом, Яфоаи — «потомок Яфы».

Менее вероятная версия — происхождение от абхазского или адыгского имени. В этих языках есть звукосочетания, близкие к «Яфа», но модель образования фамилии там иная (чаще на -ба, -ипа). Встречается фамилия Яфоаи и в среде греков-понтийцев, переселившихся в Россию, где она могла возникнуть из греческого прозвища.

Географически фамилия тяготеет к Краснодарскому краю, Абхазии и Грузии. В центральной России она практически не встречается. Сословная принадлежность предков могла быть любой: от крестьян до купцов, но, учитывая регион, скорее всего, это были крестьяне или ремесленники, получившие фамилию при переписях XIX — начала XX века.

Сравнение с однокоренными фамилиями затруднено из-за редкости. Можно упомянуть фамилию Яфаров (татарская, от арабского имени Яфар), но это другой корень. Яфоаи — пример фамилии, которая сохранила почти без изменений исходное слово, не пройдя через стандартные русские суффиксы, что делает её уникальным маркером этнической и региональной истории семьи.