Фамилия Ягнтун — редкий случай, когда основа слова не поддаётся привычной славянской этимологии. В русских фамилиях редко встречается сочетание «ягн» в начале, а окончание «-тун» и вовсе выглядит чужеродно для типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия, заимствованная из тюркских языков, возможно, от татарского, башкирского или казахского корня.

Разберём слово по частям. Первая часть «ягн» может восходить к тюркскому «яг» или «йаг» — «масло», «жир», «сало». В переносном смысле так могли называть зажиточного, тучного человека или того, кто торговал маслом. Вторая часть «-тун» — распространённый тюркский суффикс, образующий название профессии или деятеля (сравните: «арбакеш» — возница, «кузнец»). Вместе «ягнтун» буквально может означать «маслодел», «продавец масла» или «тот, кто работает с маслом». Встречаются похожие фамилии у татар (Ягнатуллин, Ягфаров), где корень «яг» тоже связан с маслом.

Есть и другая версия, менее вероятная, но упоминаемая в ономастических заметках: «ягн» может быть искажением от «янган» — «сгоревший», «опаленный» (от тюркского «ян» — гореть). Тогда Ягнтун — прозвище человека, пережившего пожар, или того, кто работал с огнём (кузнец, угольщик). Однако первый вариант с маслом выглядит логичнее: суффикс «-тун» именно в значении «делатель» встречается чаще.

Географически фамилия Ягнтун почти не фиксируется в современных базах данных — это крайне редкая фамилия, возможно, угасшая или сильно видоизменённая. Носители могли проживать в Поволжье, на Урале или в Сибири, в зоне контакта с тюркскими народами. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были не дворянами, а ремесленниками или крестьянами, занимавшимися переработкой молочных продуктов или торговлей.

Таким образом, фамилия Ягнтун — это тюркское профессиональное прозвище, закрепившееся в русской среде. Она не имеет отношения к древнерусским именам или библейским корням, а её значение прозрачно: «маслодел» или «продавец масла». Встретить её сегодня почти невозможно, но она остаётся любопытным примером того, как чужая языковая модель прижилась в русском именослове.