Фамилия Ягнюченко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок», в XVI–XVII веках массово закрепился в казацкой среде на Левобережной и Слободской Украине. Так что корни носителей этой фамилии почти наверняка ведут в украинские земли, где «Ягнюченко» понималось как «сын Ягнюка» или «потомок Ягнюка».

Основа фамилии — Ягнюк (или его вариант Ягниченко как промежуточная форма). Имя-прозвище Ягнюк, в свою очередь, напрямую связано с украинским словом «ягня» — ягнёнок. В народной традиции прозвища, данные по детёнышам животных, нередко давали младшим, самым маленьким детям в семье, либо человеку с кротким, безобидным нравом, похожим на ягнёнка. Реже прозвище могло указывать на занятие — пастуха овец, хотя для этого чаще использовали слово «вівчар».

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным или устаревшим словом «ягня» в значении «ясный, светлый» (от «ягніти» — сверкать, блестеть). В таком случае прозвище могло относиться к человеку со светлыми волосами или весёлым нравом. Однако эта гипотеза слабее, так как семантика «ягнёнка» в бытовых прозвищах встречается повсеместно, а «световой» корень — локально и редко.

По географии фамилия Ягнюченко — редкая. Наибольшая плотность носителей традиционно фиксируется в центральных и южных областях Украины (Черкасская, Кировоградская, Днепропетровская), что совпадает с территорией, где суффикс -енко был основным способом создания фамилий у крестьян и казаков. В России фамилия встречается спорадически, чаще всего как след переселенческих волн конца XIX — начала XX века.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -енко (Шевченко, Коваленко), у Ягнюченко нет однозначного «профессионального» корня. Это чисто прозвищная фамилия, которая говорит о личной характеристике предка, а не о его ремесле. Сравните с однокоренными, но более редкими Ягненко, Ягнятинский — все они восходят к тому же образу, но с разными суффиксами, что указывает на разные региональные традиции оформления фамилий.