Фамилия Ягольницер — одна из тех, что сразу выдают географию своего происхождения и род занятий предка. Она относится к группе так называемых «профессиональных» фамилий, образованных от названия ремесла. В основе лежит слово «ягольник». Так в западных и юго-западных говорах (украинских, белорусских, польских) называли мастера, который изготовлял яглы — деревянные гвозди или шпеньки для скрепления деталей в плотницком деле, строительстве лодок, телег и даже в обувном деле. Суффикс -ер, характерный для немецкого и идиша, указывает на деятеля: «тот, кто делает яглы». Таким образом, Ягольницер означает «мастер по изготовлению яглей», а фамилия сложилась на территории, где смешались славянские ремесленные названия с ашкеназской моделью образования фамилий.

Фамилия еврейского происхождения. Такие фамилии на -ер активно давали в XIX веке на территории Российской империи (в черте оседлости) и в Австро-Венгрии (Галиция). Пересечение славянского корня и немецкого суффикса — типичный признак фамилий, возникших в среде еврейского населения, которое говорило на идише, но жило среди славян. Встречается вариант написания Ягольникер, что связано с особенностями произношения в разных диалектах идиша. Географически фамилия тяготеет к Волыни, Подолью и Галиции — регионам, где было развито плотницкое и бондарное ремесло.

В отличие от многих других «ремесленных» фамилий, которые со временем потеряли связь с профессией, Ягольницер сохранил прозрачную внутреннюю форму: почти любой носитель языка, услышав её, догадается, что речь о каком-то «ягольнике». В словарях русских фамилий эта фамилия не фиксируется, так как она почти не встречается у русского населения, зато хорошо известна в ономастике еврейских фамилий Восточной Европы.

Интересно, что в некоторых говорах «ягольник» могло быть не только названием ремесленника, но и прозвищем — например, так могли назвать человека за худобу или угловатость (по ассоциации с тонким и острым деревянным гвоздём). Однако профессиональная версия остаётся основной и наиболее обоснованной: ремесло было распространённым, а прозвища такого типа — вторичными.