Фамилия Яикбаева — редкий случай, когда географическое название становится личным именем, а затем фамилией. Её основа — «Яик», историческое название реки Урал до восстания Пугачёва. Именно так реку называли в русских документах и в тюркской среде: Яик (от тюркского «жайык» — «разливающаяся, широкая»). После подавления бунта в 1775 году Екатерина II переименовала реку, чтобы стереть память о яицких казаках, участвовавших в мятеже. Но в фамилиях, особенно у башкир и татар, старое название сохранилось.

Модель образования типична для тюркских фамилий: к основе «Яик» добавляется компонент «бай» — «богатый, богач» (ср. байбак, Байконур). «Яикбай» — это имя-пожелание: «богатый, как Яик», то есть человек, чьё богатство сравнимо с полноводной рекой. Суффикс «-ева» — русский патронимический, указывающий на принадлежность к роду (чьих? — Яикбаевых). Полное значение: «потомок Яикбая».

Фамилия почти наверняка башкирского или татарского происхождения. Встречается в Башкортостане, Оренбургской области, реже — в Татарстане. Её носители, скорее всего, потомки оседлых тюркских крестьян или мелких торговцев, живших вдоль реки Урал. Примечательно, что фамилия не получила широкого распространения — вероятно, из-за того, что после переименования реки имя Яикбай вышло из моды, и новые поколения редко давали его детям.

Стоит отметить, что в некоторых говорах «яик» могло означать не только реку, но и «берег, крутой обрыв» (диалектное). Если так, то прозвище Яикбай могло относиться к человеку, жившему на обрыве или владевшему прибрежной землёй. Но речная версия убедительнее — она подтверждается массовостью топонимических фамилий у тюркских народов.