Фамилия Якаба — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую другую версию. Это не русская фамилия в привычном смысле, а русифицированная запись западнославянской или, точнее, чешской фамилии. В Чехии и Словакии фамилия Jakabá или Jakaba встречается до сих пор, и её основа — личное имя Якуб (Jakub), то есть русский Яков. Суффикс -а в чешской модели часто указывал на прозвище или форму имени, а не на принадлежность кому-то.

На русской почве фамилия закрепилась без изменений, как часто бывало с переселенцами из Австро-Венгрии. В XIX — начале XX века носители фамилии Якаба могли приехать в Российскую империю из Галиции или Богемии. Поэтому искать предков стоит не в крестьянских общинах центральной России, а среди ремесленников, стеклодувов или мещан западных губерний.

Менее вероятная, но допустимая версия — украинское происхождение. В говорах Западной Украины имя Яків могло дать форму Якаба через диалектное «якати» (говорить «яка» вместо «якась» или «якої»). Но тогда фамилия скорее писалась бы как Якаб’юк или Якабенко. Форма Якаба с ударением на последний слог (Якаба́) выдает неславянскую интонацию — скорее венгерское или румынское влияние на ту же чешскую основу.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: нет типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Это говорит о том, что её не «переделывали» под местный лад, а записали как слышали. В метрических книгах XIX века можно встретить варианты Якабба, Якабов, но исконная форма сохранилась именно у тех семей, которые держались обособленно.