Фамилия Яхтанциди — редкий пример греческого по происхождению русского родового имени, сохранившего свою исходную форму. В отличие от большинства «русских» фамилий греков (вроде Кузьмин, Попов или Иванов), она не была русифицирована суффиксами -ов или -ин, а осталась в виде, характерном для понтийских греков. Ключевой элемент здесь — суффикс -иди, который в греческой ономастике означает принадлежность к роду, буквально «сын» или «потомок». В России и на постсоветском пространстве такие фамилии (Айвазиди, Павлиди, Хаджиди) чаще всего встречаются у потомков греков, переселившихся из Малой Азии и Причерноморья в XVIII–XIX веках, особенно в Крыму, на Кубани и в Приазовье.

Основа фамилии — «Яхтан». Здесь возможны две версии, и обе лингвистически обоснованы. Первая: от греческого слова «яхти» (яхта) с добавлением антропонимного форманта -ан. В таком случае Яхтан — это прозвище, которое мог получить владелец или строитель яхты, либо человек, связанный с мореплаванием. Вторая версия связывает основу с турецким или арабским «яхтан» — «сундук», «шкатулка» (в некоторых диалектах — «сундук для приданого»). Для понтийских греков, живших в окружении тюркских народов, заимствования из турецкого в бытовой лексике были обычным делом. Тогда прозвище Яхтан могло относиться к ремесленнику, делавшему сундуки, или к купцу, торговавшему ими.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Яхтанциди стоит в ряду греческих фамилий на -иди, которые в России иногда записывали с окончанием -иди, -идис или даже -ич. Встречается написание Яхтанцидис, но в русской традиции закрепился именно вариант без конечного «с». Поскольку фамилия не крестьянская и не дворянская в классическом русском понимании, её носители в XIX веке относились к сословию мещан или купцов — греческие колонии в Российской империи славились торговыми династиями. Географически фамилия тяготеет к югу России: Краснодарский край, Ростовская область, Крым, а также к Грузии (особенно к Батуми, где была крупная греческая община). Встречается она редко, что делает её надёжным маркером греческих корней.