Фамилия Якимотобакотосан — редкий случай в русской ономастике. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а японская, записанная кириллицей. В японском языке фамилии часто состоят из нескольких иероглифов, и «Якимото» (焼本) или «Якимото» (八木本) — реально существующая фамилия, означающая «сожжённая основа» или «восемь деревьев у истока». Но в данном варианте добавлены слоги «бакотосан», что нехарактерно для японских фамилий: они обычно двусложные или трёхсложные. Возможно, это искажение при переписи или шуточное прозвище, которое закрепилось в документе.

Вторая гипотеза — фамилия могла возникнуть в среде русских старообрядцев или казаков, которые в XIX веке контактировали с японцами на Дальнем Востоке. Смешанные браки или усвоение японского имени в качестве прозвища могли дать такую форму. Однако «бакотосан» не переводится с японского как осмысленное слово (ближе всего «бако» — ящик, «тосан» — отец, но вместе не складывается). Более правдоподобно, что это искусственное образование, возможно, придуманное в XX веке для экзотики или как псевдоним.

Разбор суффикса здесь не работает: окончание «сан» в японском — вежливый суффикс, а не русский фамильный показатель. Если бы фамилия адаптировалась по русской модели, она могла бы получить суффикс «-ов» или «-ин» (Якимото́в), но этого не произошло. Таким образом, Якимотобакотосан — уникальный гибрид, который либо результат ошибки, либо сознательное заимствование с элементами японского этикета. Встретить её можно, вероятно, только в единичных записях, и её носители, скорее всего, знают историю появления фамилии из семейного предания.