Фамилия Якнышикинов — редкий пример фамилии, в основе которой лежит не имя или профессия, а, вероятнее всего, искажённое тюркское прозвище, зафиксированное в русской письменной традиции. Её структура необычна: она состоит из трёх суффиксов, что для русских фамилий нетипично. Разбираем её по частям.

Корень «Якныш» (или «Якнышик») восходит к тюркским языкам, где «якшы» (yaxşı) означает «хороший», «добрый», «добротный». В татарском, башкирском, казахском и других языках это слово широко употребляется как похвала или характеристика. Форма «Якныш» могла быть прозвищем человека, которого считали добрым, удачливым или мастеровым. Суффикс «-ик» в тюркских языках часто придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок, так что «Якнышик» — это «хорошенький» или «добрячок». В русском языке этот суффикс мог быть переосмыслен как часть основы, а затем к нему добавили ещё один суффикс — «-ин» (принадлежность кому-то). Финальный «-ов» — стандартный русский патронимический суффикс, указывающий на потомка.

Таким образом, фамилия Якнышикинов буквально означает «потомок того, кого звали Якнышик». Двойной суффикс «-ик-ин» встречается в русских фамилиях редко, но не уникально (сравните: Костиков, Петриков). Однако тройная конструкция «-ик-ин-ов» — уже крайне редкий случай, что говорит о сложном пути фамилии: она могла возникнуть в среде, где сначала закрепилось прозвище (Якнышик), затем от него образовали фамилию через суффикс «-ин» (Якнышикин), а позже, при переходе в другую диалектную зону или при оформлении документов, к ней добавили ещё и «-ов», чтобы «подогнать» под более привычную модель.

Географически фамилия, скорее всего, связана с регионами, где русские и тюркские народы жили вперемешку: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Предки носителя фамилии могли быть крестьянами или мещанами, получившими прозвище за хороший нрав или умелые руки. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии нередко фиксировали с искажениями, так что возможны варианты написания: Якнышикин, Якнышкин, Якнышев. Если встречаете Якнышикинова — это женская форма, образованная от мужской.

Спорных версий немного. Можно предположить, что «Якныш» — это искажённое имя Иакинф (в русском обиходе Акинфий), но фонетически это маловероятно: переход «Акинф» → «Якныш» сложен и не подтверждается типовыми моделями. Поэтому тюркская версия остаётся основной и наиболее правдоподобной.