Фамилия Яковуник образована от имени Яков через характерный для украинской и белорусской ономастики суффикс -ук/-юк, который указывает на потомка или принадлежность. В русской традиции чаще встречаются фамилии на -ов (Яковлев), а вот суффикс -юник — более редкий вариант, возможно, диалектный или возникший под влиянием польского языка, где -nik также обозначает деятеля или носителя признака. Таким образом, Яковуник — это буквально «потомок Якова» или «человек из рода Якова».

Основа имени Яков — древнееврейское Иаков, которое означает «держащийся за пяту» или «следующий по пятам». В христианской традиции это имя одного из апостолов, поэтому оно было широко распространено среди всех сословий. Однако фамилия Яковуник, скорее всего, закрепилась в крестьянской или мещанской среде западнорусских земель, где был распространен суффикс -ук (сравните: Грицук, Павлюк, Романюк).

Особенность фамилии — окончание -ник, которое могло возникнуть при адаптации украинской формы Яковук в русском языке или как самостоятельный вариант, где -ник означало «принадлежащий к чему-то» (как в фамилиях Дзюбник, Стебник). Географически фамилия Яковуник встречается в основном на Украине (особенно в западных областях) и в Беларуси, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии.

Спорных версий здесь немного: иногда -уник путают с польским суффиксом -unik, но это маловероятно, так как в польском языке форма была бы Якубович или Якубик. Так что Яковуник — это однозначно «сын Якова» с региональным колоритом.