Фамилия Яксыбаева — женская форма фамилии Яксыбаев, а та, в свою очередь, восходит к мужскому имени тюркского происхождения. В основе лежит древнее личное имя Яксыбай, которое состоит из двух частей: «яксы» (в тюркских языках — «хороший», «добрый», «славный») и «бай» (титул богатого, уважаемого человека, господина, хозяина). Таким образом, имя Яксыбай буквально означало «добрый (славный) богач» или «хороший хозяин». Имена с компонентом «бай» были широко распространены у башкир, татар, казахов и других тюркских народов: имя давали с пожеланием, чтобы ребёнок вырос состоятельным и достойным человеком.

Модель образования фамилии типична для русской среды, в которую попало тюркское имя: к основе Яксыбай добавился русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного), указывающий на принадлежность: «сын Яксыбая». Встречаются и однокоренные фамилии с тем же корнем — Яксыбаев, Яксымов, а также более редкие формы вроде Яксыбаевский, но Яксыбаева — самая распространённая женская версия.

География фамилии сосредоточена в регионах с тюркским населением: чаще всего её носители встречаются в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречаемость невысокая, что делает фамилию локальной и хорошо привязанной к конкретному ареалу. В дореволюционное время фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и представителям башкирского или татарского служилого сословия — точных данных нет, но имя Яксыбай не было престижным или княжеским, скорее обычным народным именем.

Интересная деталь: в некоторых тюркских говорах слово «яксы» может означать не только «хороший», но и «красивый», «ладный». Поэтому фамилию можно трактовать и как «сын красивого богача» — в любом случае, основа несёт положительную характеристику предка.