Фамилия Якубилмагомедов — редкий пример сложения двух полных арабских имён в одну основу. Она образована от арабского имени Якуб (библейский Иаков, «идущий по следу») и имени Магомед (арабизированная форма имени Мухаммад, «восхваляемый»), соединённых формантом -ил-, который здесь выполняет роль связки, а не суффикса. В результате получилась конструкция «Якуб и Магомед», то есть «[сын] Якуба и Магомеда». Это не двойное имя, а указание на происхождение от двух предков — отца и деда, или от двух разных линий рода.

Такая модель — прямое отражение дагестанской традиции именования, где фамилии часто строились не от одного родоначальника, а от двух имён, чтобы сохранить память о нескольких поколениях. Суффикс -ов — русский, добавленный при паспортизации в XIX–XX веках для приведения фамилии к стандартной документальной форме.

Фамилия почти наверняка имеет корни в Дагестане, среди аварцев, даргинцев или кумыков — народов, где арабские имена Якуб и Магомед крайне распространены, а практика составных фамилий обычна. Встречается она крайне редко: по открытым данным, носителей — единицы, и все они сосредоточены на Северном Кавказе или в среде выходцев оттуда.

По социальному происхождению предки, скорее всего, были свободными горцами, не принадлежавшими к дворянским или княжеским родам. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие — её задача была чисто родословной: зафиксировать имена двух уважаемых старших в семье, чтобы передать эту связь потомкам.