Фамилия Якубштат — редкий пример, когда русская фамилия образована не от прозвища или имени, а от названия населённого пункта, причём с немецким корнем. Её основа — немецкая фамилия-топоним Якобштадт (Jakobstadt), что в переводе означает «город Якова». Так до 1917 года назывался латвийский город Екабпилс (нем. Jakobstadt). Носитель фамилии Якубштат, скорее всего, происходил из этого города или его окрестностей.

Фамилия сложена из двух частей: «Якуб» (восточная форма библейского имени Иаков/Яков) и «штат» (от немецкого Stadt — «город»). В русском языке конечное «д» в «штат» закономерно оглушилось до «т», а ударение сместилось на второй слог: Якубшта́т. Это типичная калька с немецкого топонима, адаптированная под русскую фонетику.

По сословной принадлежности предки Якубштат могли быть мещанами или купцами из Прибалтики, так как фамилии-топонимы в этой форме чаще встречались у городского населения, а не у крестьян. В Российской империи фамилия бытовала преимущественно в западных губерниях — Витебской, Курляндской, Лифляндской, а также среди еврейского населения, которое нередко брало фамилии по месту жительства.

В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Якубштат сохранила иноязычную модель без суффикса принадлежности. Это сразу указывает на её позднее происхождение (не ранее XVIII века) и на то, что предки, вероятно, были грамотны и сами участвовали в выборе фамилии при переписях.