Фамилия Якучениси звучит нехарактерно для русской ономастики, и это первая зацепка. В русском языке нет суффикса -ениси, который бы участвовал в образовании фамилий. Окончание -и, а не традиционное -ов/-ев или -ин, указывает на то, что перед нами не исконно русская, а заимствованная фамилия, скорее всего, грузинского происхождения.

В грузинском языке фамилии с окончанием -и (в русской передаче) образуются по разным моделям. Основа «Якучен» может быть производной от имени Яков (грузинская форма — Иаков, Якоб). Характерный грузинский суффикс -ени (-ени) указывает на принадлежность к чему-либо. Таким образом, Якучениси — это «относящийся к Якучену» или «из рода Якучена». Более точный разбор: возможно, исходная форма — Якучена, где -а — окончание именительного падежа, а -ениси — притяжательный суффикс (ср. с фамилиями типа Гогоберидзе, где -идзе — «сын», но здесь другая модель). Вероятнее, что фамилия образована от топонима — названия села или местности Якучени (в Грузии много фамилий, произошедших от названий родовых сёл, например, Гуриели, Месхишвили). Носитель фамилии — выходец из этого места.

Если предположить, что фамилия могла попасть в русскую среду через смешанные браки или переселение, то её первоначальное значение — «принадлежащий к селению Якучени» или «потомок Якучена» (где Якучен — уменьшительная форма от Яков). Встречаемость фамилии крайне низкая, что подтверждает её локальный, возможно, даже микролокальный характер на территории Грузии или среди грузинской диаспоры. В русских архивных записях (например, метрических книгах XIX века) она практически не фиксируется, что говорит о том, что её носители не были частью крестьянского или купеческого сословия центральной России. Скорее всего, предки — жители одного из горных или равнинных регионов Грузии, где фамилии на -ени, -ури, -ели указывают на знатное или просто родовое происхождение.