Фамилия Якучун — редкий случай, когда географический разрез даёт больше, чем морфологический. В русской ономастике фамилии на -ун обычно отталкиваются от глагольной основы (крикун, бегун, говорун), но здесь основа — Якуч-, а не Якун-. Такая модель встречается в западнорусских и белорусских землях, где суффикс -ун мог присоединяться к личным именам. Если отбросить фамильный суффикс, остаётся корень Якуч-, который скорее всего восходит к просторечной форме канонического имени Яков. В белорусском и украинском говорах Яков превращался в Якуша, Якуся, а Якуч — одна из производных форм, образованная с уменьшительным суффиксом -уч. Таким образом, Якучун — это «сын Якуча», то есть потомок человека по прозвищу или уменьшительному имени Якуч.

География фамилии подтверждает эту версию. Якучуны встречаются в основном на западе России, в Брянской и Смоленской областях, а также на востоке Беларуси. Это зона, где исторически смешивались русские, белорусские и польские ономастические традиции. Фамилии на -ун здесь нередко имели не столько прозвищный, сколько патронимический характер: они фиксировали имя отца, а не его характер или ремесло. Поэтому предки носителей фамилии Якучун были, скорее всего, крестьянами или мещанами, которых в документах записывали по отцу — Якучу.

Версия о происхождении от тюркского корня (например, от слова «якут» или имени Якуб) маловероятна: суффикс -ун нехарактерен для тюркских фамилий в русской среде, а фонетика Якучун ближе к славянской модели словообразования. Спорным остаётся вопрос, было ли имя Якуч самостоятельным прозвищем или уменьшительной формой от Яков. В пользу второго говорит распространённость аналогичных форм: Якуша, Якуня, Якута. Первое правдоподобнее, если Якуч означало «якут» в ироничном смысле — так могли прозвать человека со смуглой кожей или раскосыми глазами, но для этого нет прямых документальных подтверждений.

В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться через «о» — Якочун, что указывает на акающее произношение: Якучун и Якочун — варианты одного корня. Носители фамилии не оставили заметного следа в истории, что типично для крестьянских фамилий, не попавших в дворянские родословные книги. Сегодня Якучун — фамилия штучная, её можно встретить в единичных семьях, и каждый новый носитель — живое свидетельство того, как просторечное имя Якуч закрепилось в документах три-четыре века назад.