Фамилия Якудза — случай, когда первая же ассоциация с японской организованной преступностью оказывается ложной. В русском ономастиконе эта фамилия встречается крайне редко, и её происхождение лежит совсем в другой плоскости, нежели современные стереотипы.

Скорее всего, фамилия Якудза образована от тюркского прозвища, восходящего к слову «якут» или близким к нему этнонимам. В татарском, башкирском и других тюркских языках «якут» — это не только название народа, но и личное имя, а также прозвище, указывающее на внешность или род занятий человека. Суффикс «-за» в русских фамилиях нехарактерен, но в тюркских языках он встречается как уменьшительно-ласкательная или патронимическая частица. Таким образом, Якудза могло означать «маленький Якут» или «сын Якута». Сравните с фамилиями Якутов, Якутский — они имеют ту же основу, но иной способ оформления.

Версия о происхождении от японского слова «якудза» (три цифры, обозначающие проигрыш в карточной игре) маловероятна для русской фамилии. Это слово вошло в широкий обиход только в XX веке, а фамилии в России массово формировались до середины XIX столетия. Если бы фамилия возникла под японским влиянием, она бы появилась на Дальнем Востоке, но география носителей фамилии Якудза, если судить по редким упоминаниям, скорее привязана к Поволжью и Уралу — зонам расселения тюркских народов.

Фамилия могла возникнуть и как прозвище, данное за шумное или буйное поведение, но это уже вторичное переосмысление. В любом случае, перед нами не привозная японская фамилия, а редкий пример тюркской модели словообразования, закрепившейся в русской среде. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки татарских или башкирских крестьян, получивших фамилию по имени предка или его прозвищу.