Фамилия Якуеина звучит необычно для русского уха, и это прямое указание на её вероятное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в результате адаптации иноязычного имени или прозвища. Если отбросить окончание -а, которое в русском языке указывает на женскую форму, то в основе лежит мужская фамилия Якуеин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который означает принадлежность: «чей?» — Якуеин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Якуея.

Самое правдоподобное объяснение корня «Якуе-» — это фонетическая переработка имени Яков. В некоторых южнорусских и украинских говорах, а также в белорусском языке, имя Яков могло звучать как Якуй или Якуя (через «у» вместо «о»). Суффикс -еин в таком случае является вариантом написания или произношения суффикса -ин (Якуев → Якуеин?). Однако более вероятно, что «Якуеина» — это женская форма от фамилии Якуеин, которая, в свою очередь, восходит к прозвищу Якуея. Прозвище могло быть образовано от глагола «якать» (говорить «я» вместо «а», то есть окать, но в переносном смысле — выделять себя) или от диалектного слова, обозначающего крикливого, бойкого человека.

Другая, менее распространённая, но возможная версия ведёт к тюркским корням. В тюркских языках есть корень «яку» (близкий, родной) или «як» (сторона, бок). В таком случае прозвище Якуя могло означать «родственник» или «земляк». Однако эта гипотеза слабее, так как для неё нет типичного тюркского суффикса, а фамилия имеет славянское окончание.

Географически фамилия Якуеина, скорее всего, редкая и могла возникнуть на стыке русских и украинских земель (Курская, Белгородская области, Слобожанщина), где диалектные особенности смешивались. Носители фамилии, вероятно, были крестьянами или казаками, получившими фамилию по прозвищу своего предка. В любом случае, это пример того, как иноязычное или местное диалектное слово перерабатывалось в стандартную русскую фамилию с помощью привычного суффикса.