Фамилия Якустиди — редкий для России случай, когда греческое происхождение не вызывает сомнений. Характерный суффикс -иди (в русской передаче часто -иди или -ди) — один из главных маркеров греческих фамилий, особенно выходцев из Малой Азии, Понта и Причерноморья. Он восходит к древнегреческому патронимическому суффиксу, указывающему на принадлежность к роду: «сын такого-то». Таким образом, Якустиди буквально означает «потомок Якустиса» или «из рода Якустиса».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Якустис. Наиболее вероятная версия: это греческая адаптация библейского имени Иаков (греч. Ιάκωβος, Ιακώβ). В греческом языке имя Иаков через народные формы могло звучать как Якус, Якустис. Суффикс -тис в греческих именах часто выступает как уменьшительно-ласкательный или просторечный вариант. Следовательно, Якустис — это «маленький Яков», «Яша», а Якустиди — «Яшин сын» или «Яшины».

Географически фамилия тяготеет к греческой диаспоре, которая исторически жила на юге Украины, в Крыму, в Приазовье (Мариуполь, Донецкая область) и на черноморском побережье Кавказа. Именно оттуда в XIX–XX веках происходили массовые переселения греков в центральные регионы России. Встречаемость фамилии в современных российских базах крайне низкая — это штучная, локальная фамилия, нечастная даже среди понтийских греков.

В написании возможна вариативность: Якустиди, Якустидис, реже Иакустиди. Форма на -дис (с конечным сигмой) свойственна мужскому роду в греческом языке, а на -ди — это русская (или украинская) бытовая передача, которая закрепилась у носителей в паспортах. В самой Греции фамилия сохранила бы ударение на предпоследнем слоге: Яку́стиди (с долгим «и»), но в русской среде ударение часто смещается на предпоследний слог или на последний — Якусти́ди.

Социальный контекст: предки носителя фамилии, скорее всего, были не из аристократических фанариотских родов, а из простого греческого населения — крестьяне, ремесленники, рыбаки, мелкие торговцы. Фамилии на -иди в Греции считаются демократичными и массовыми, они не несут сословной окраски. Появление Якустиди в России — почти всегда следствие переселения греков из Османской империи (в основном после Русско-турецких войн XVIII–XIX веков) или исход понтийцев в 1920-е годы.