Фамилия Янахунова — яркий пример патронимической модели, распространённой у тюркских народов, попавшей в русскую систему фамилий через суффикс принадлежности. Основа здесь — мужское имя Янахун. Оно составное: первая часть «Ян» или «Джан» (в тюркских языках «душа», «дорогой», «любимый»), вторая — «хун» (вариант имени Хан, в значении «властитель», «правитель»). В сумме имя означает «дорогой, как хан» или «душа-хан» — типичное для Востока ласкательно-почётное обращение, которое со временем закрепилось как личное имя.

Формант «-ова» — это русский суффикс, указывающий на принадлежность. В XIX–XX веках, когда многие народы Российской империи получали фамилии, к отцовскому имени добавляли русские окончания. Янахунова — буквально «дочь (или жена) Янахуна». Мужской вариант фамилии — Янахунов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешались тюркские и славянские традиции: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская область, реже встречается в Средней Азии. В русских документах фамилия могла записываться с двойной буквой «н» (Яннахунова) или с «а» на конце (Янахунаева) — такие варианты встречаются в метрических книгах начала XX века, что говорит о неустоявшейся орфографии.

В отличие от многих русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Янахунова сохраняет прямую связь с доисламским тюркским именословом, где имя несли пожелание силы и нежности одновременно. Носительницы этой фамилии — потомки людей, чьи предки носили имя, подчёркивающее высокий статус и любовь близких.