Фамилия Янатьев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. На первый взгляд кажется, что в основе лежит имя Ян, но это не совсем так. В русской ономастике фамилии на -атьев встречаются нечасто, и большинство из них — результат трансформации других форм или диалектных особенностей.

Самая вероятная версия: Янатьев — это вариант фамилии Янатов или Янатьев, образованной от канонического имени Иоанн в его народной форме Янат. Суффикс -ат- в русских именах (как Гаврила — Гаврилат, Михайла — Михайлат) указывал на «малого» или «младшего» — сына или ученика. Соответственно, Янат — это уменьшительное от Яна (Ивана). Фамилия Янатьев буквально значила «сын Яната», то есть внук или потомок человека по прозвищу Янат.

Есть и другая, более экзотическая версия. В некоторых говорах русского севера и Поволжья слово «янать» означало «кричать, шуметь, браниться». Если это так, то прозвище Янать мог получить человек с громким голосом или сварливым характером. Однако эта гипотеза слабее, потому что глагол «янать» — локальный и почти не зафиксирован в письменных источниках, а фамилия встречается в разных регионах.

Суффикс -ев указывает на принадлежность (чей? — Янатьев), что типично для русских фамилий XVI–XVII веков. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от основ на твёрдый согласный, -ев присоединялся к основам на мягкий или шипящий, что подтверждает форму Янать (с мягким знаком на конце).

Географически носители фамилии Янатьев рассеяны, но заметная концентрация встречается в Чувашии, Татарстане и соседних областях. Это может говорить о том, что фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или чувашей, у которых имя Ян (как вариант Иван) было популярно, а местные говоры адаптировали его в форму Янат.

Таким образом, скорее всего, предки современных Янатьевых — люди, которых в быту звали Янатами, и это прозвище закрепилось за их родом. Фамилия не дворянская, не купеческая — типичная крестьянская или посадская, каких тысячи на Руси.