Фамилия Янчюте — редкий для русского слуха пример литовской модели образования фамилий. Её основа — мужское имя Ян, литовский вариант имени Иван (в Литве распространены формы Jonas, Jan, Janis). Суффикс -юте (лит. -iūtė) — типичный женский патронимический суффикс в литовской ономастике. Он означает «дочь такого-то» или «принадлежащая такому-то». Таким образом, Янчюте — буквально «дочь Яна» или «женщина из рода Яна». В Литве и в исторических землях Великого княжества Литовского такие фамилии были распространены среди крестьянок и мещанок: мужчины носили форму на -юс, -ис или -ас (например, Янчюс), а женщины — на -юте или -ене.

В русском контексте фамилия Янчюте встречается крайне редко, обычно у потомков литовцев или поляков, переселившихся вглубь России в XIX–XX веках. При переписях и паспортизации советского времени литовские женские фамилии иногда записывали без изменений, закрепляя за женщиной форму, которая в Литве менялась при замужестве (Янчюте — для незамужней, Янчювене — для замужней). Поэтому носительница фамилии Янчюте в России, скорее всего, происходит из семьи, где фамилию «заморозили» в девичьем варианте.

Словообразовательная модель проста: корень Ян- (от имени Ян) + суффикс -ч- (возможно, результат адаптации литовского -i- к русской фонетике) + типичное литовское окончание -юте. В отличие от славянских фамилий на -ов/-ин, эта фамилия не склоняется по падежам в русском языке — ещё одна примета её иноязычного происхождения. Если искать аналоги среди однокоренных, можно вспомнить польские фамилии Янец, Янович или белорусскую Янченко, но Янчюте стоит особняком: она сохраняет балтскую грамматику, а не славянскую.