Фамилия Яндэксов — редкий случай, когда написание подсказывает путь к разгадке. В ней нет привычного суффикса -ов, который выдают за фамильный. Перед нами -ов, но он стоит после корня, заканчивающегося на -экс. Это наводит на мысль, что основа фамилии — не славянская, а заимствованная, и адаптировали её на русской почве через притяжательный суффикс: «чей?» — Яндэксов, то есть сын или потомок Яндэкса.

Само имя или прозвище Яндэкс — это, скорее всего, искажённая форма от Яндек, Яндок или Яндяк. В основе лежит корень Ян-, который восходит к библейскому имени Иоанн (в русской традиции — Иван). В западных и южнославянских языках имя Иван часто приобретало формы Ян, Янек, Яндрей. Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Яндя, Яндек, Яндок были распространены в польском, белорусском и украинском языках. Суффикс -экс мог возникнуть под влиянием местных говоров или просто как запись на слух: в документах писарь мог зафиксировать «Яндэк» как «Яндэкс», особенно если носитель говорил с характерным «цоканьем» или шепелявостью.

Таким образом, фамилия Яндэксов — это «сын Яндэкса», а Яндэкс — это один из народных вариантов имени Иван. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, происходили из западнорусских земель (Белоруссия, Смоленщина, западные области Украины) или из польско-литовского пограничья. Там такие формы имени были в ходу у крестьян и мещан. Фамилия эта редкая, и её написание могло меняться: встречаются варианты Яндоксов, Ендэксов, Яндяксов. В любом случае, перед нами не искусственное образование, а живая народная форма, закреплённая в паспорте.