Фамилия Янгогигнин — редчайший случай в русской ономастике. Её основа не славянская и даже не тюркская, а, скорее всего, финно-угорская, точнее — марийская или удмуртская. Если разложить фамилию на части, то в ней угадывается структура, типичная для языков волжско-финской группы: «Янго» — это имя или прозвище, «гиг» или «гин» может быть вариантом корня со значением «человек», «мужчина» или «сын».

Наиболее вероятная версия: фамилия образована от марийского имени Янга (Янго), которое восходит к слову «янга» — «молодая», «новая» или «свежая» (в значении «младший», «новорождённый»). Вторая часть — «гигнин» — могла быть переосмыслена под влиянием русского суффикса -ин, который в фамилиях указывает на принадлежность («чей?»). Таким образом, Янгогигнин буквально означает «сын (потомок) Янгоги» или «принадлежащий к роду Янгоги». В марийской среде распространены фамилии на -гин, -гын, которые часто прикреплялись к личным именам, превращая их в родовые прозвания.

Есть и альтернативное объяснение: «гигнин» может быть искажённым вариантом коми-пермяцкого «гинь» — «жена», «женщина». Тогда фамилия могла означать «жена Янго» — но это менее вероятно, так как фамилии такого типа обычно образовывались от мужских имён и указывали на отца, а не на супругу.

Географически фамилия должна быть привязана к территории Марий Эл, Удмуртии или Кировской области — местам, где веками жили марийцы и удмурты, а русские переписчики фиксировали их имена на слух, нередко искажая окончания. В документах XIX века такие фамилии могли записывать по-разному: Янго-Гигнин, Янгигин, Янгогин. Нынешняя форма — результат закрепления одного из вариантов в паспорте.

Словообразовательная модель здесь не русская, а адаптированная: суффикс -ин добавили уже русские чиновники, чтобы «одомашнить» фамилию для метрических книг. Поэтому носитель фамилии Янгогигнин с высокой вероятностью происходит из марийского рода, где предка звали Янга, а его потомков — «Янгины» или «Янгогины», но в силу местного говора и особенностей письма фамилия приобрела необычное окончание.