Фамилия Янпавлис — редкий случай, когда в одной фамилии «склеились» два полных имени. Это составная фамилия литовского происхождения, образованная по модели, характерной для балтийских языков, где часто соединяли два имени в одно прозвище или фамилию.

Первая часть — Ян, польская и западнорусская форма канонического имени Иоанн (от древнееврейского Йоханан — «Бог смилостивился»). Вторая часть — Павлис, литовская форма имени Павел (от латинского paulus — «малый»). Таким образом, буквально Янпавлис означает «Ян и Павел», но не как двойное имя одного человека, а как указание на родство или союз двух лиц — например, отца и сына, братьев или основателей рода.

Словообразовательная модель Янпавлис типична для литовских фамилий на -ис. В Литве и на смежных территориях Беларуси и Польши такие фамилии часто возникали в среде крестьян и ремесленников, где прозвище записывали по имени отца (отчество) или по характерному сочетанию имён в семье. Важно, что фамилия не имеет славянских суффиксов -ов/-ев или -ин, что сразу указывает на её балтийский, а не русский или польский корень.

Вероятнее всего, предки носителя фамилии Янпавлис жили на территории исторической Литвы или в западных областях современной Беларуси (Гродненщина, Витебщина), где веками смешивались литовские, польские и белорусские языковые традиции. Фамилия могла закрепиться за потомками человека, которого в документах записали как «Ян, сын Павла» или «Ян и Павел» — двойное имя-прозвище для различения однофамильцев.

В отличие от более распространённых литовских фамилий вроде Янкаускас или Паулаускас, Янпавлис — редкая и компактная форма, сохранившая оба корня без дополнительных суффиксов. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть не в канцелярии при массовом присвоении, а в устной традиции, как бытовое прозвище, которое затем стало наследственным.