Фамилия Япондыч — редкая и необычная для русского слуха. Её происхождение, скорее всего, не связано с Японией, а указывает на польские или западнорусские (белорусские, украинские) корни. Ключ к разгадке — суффикс «-ыч» (или «-ич»). В восточнославянских фамилиях он типичен для Беларуси и западных регионов Украины, где «-ич» означал «сын» или «потомок» (ср. белорусские фамилии Петрович, Иванович). В польской традиции суффикс «-ycz» или «-icz» выполняет ту же роль, но часто встречается в фамилиях шляхетского происхождения.

Основа «Японд-» — самая спорная часть. Есть две версии, и обе не имеют отношения к Стране восходящего солнца. Первая: это вариант прозвища «Японда» (или «Японда») от диалектного глагола «япондать» — в некоторых говорах так называли человека, который ходит вразвалку, неуклюже, или того, кто говорит быстро и невнятно, «тараторит». Вторая, более правдоподобная: фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта. В Польше и на Западной Украине есть топонимы, оканчивающиеся на «-онды» или «-ондыч» (например, деревни с корнем «Jap-» или «Jop-»), от которых житель получал прозвище «Япондыч». Такой тип — «от названия деревни + суффикс принадлежности» — был массовым для крестьян и мелкой шляхты.

Если отбросить экзотическую гипотезу о японском происхождении (она не выдерживает критики: японские фамилии не образуются с суффиксом «-ыч»), то Япондыч — это типичная «географическая» или «прозвищная» фамилия из западнорусского ареала. Носитель фамилии в XVI–XVIII веках мог быть крестьянином или однодворцем из-под Бреста, Гродно или Волыни, которого записали по названию родного хутора или по характерной походке. Встречаемость фамилии в современных российских базах крайне низкая — это говорит о том, что она не вышла за пределы локальной группы, а её носители, вероятно, были переселенцами с запада в центральные губернии в XIX–XX веках.