Фамилия Яптина — женская форма, мужской вариант — Яптин. В основе фамилии, скорее всего, лежит прозвище или некалендарное имя Япта. В русских говорах слово «япта» или «яптый» могло означать нечто маленькое, невзрачное или юркое, хотя точное значение сегодня установить трудно. Возможна и другая версия: в некоторых диалектах «япать» значило «хватать», «цапать», так что Яптой могли прозвать хваткого, цепкого человека.

Словообразовательная модель простая: суффикс -ин указывает на принадлежность. Яптина — буквально «дочь или жена Япты». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Поскольку прозвище Япта — производное от глагольной основы, а не от крестильного имени, фамилия могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были особенно распространены.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России. Встречаемость её крайне низкая, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного родового гнезда.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в единичных случаях. Сравнение с однокоренными фамилиями (Япкин, Япков) показывает, что корень «яп-» не связан с тюркскими или финно-угорскими заимствованиями, а имеет исконно русскую диалектную природу. Таким образом, носители фамилии Яптина — потомки человека, которого в деревне прозвали за характер или внешность Яптой.