Фамилия Яптунэ — редкий пример русского наследия Крайнего Севера. Её носители — почти исключительно коренные жители полуострова Ямал, представители народа ненцев. В исконной форме фамилия звучит как Яптунэ, где ударение падает на последний слог, и именно так её фиксируют в официальных документах, хотя в быту встречается вариант с ударением на второй слог.

Словообразовательная модель здесь необычна для русской ономастики. Фамилия не получила типичных славянских суффиксов -ов, -ев или -ин. Она представляет собой русифицированную запись ненецкого родового имени (эркара — «родового прозвища»). По-ненецки «Яптунэ» означает «открывающий», «тот, кто раскрывает» — от глагола «яптэсь» (открывать, раскрывать). Вероятно, прозвище дали человеку, который первым замечал что-то важное, открывал новые пастбища или был проводником. В традиционном ненецком обществе такие имена не были фамилиями в нашем понимании — они указывали на принадлежность к конкретному роду и передавались по мужской линии без изменений.

При советской паспортизации 1930–1940-х годов многие ненецкие родовые имена записывались в документах как фамилии, причём без добавления русских окончаний. Так «Яптунэ» закрепилось в неизменном виде. Это отличает фамилию от, скажем, более частых северных фамилий типа Вокуев или Худи, где к основе добавили суффикс -ев. Яптунэ осталась «чистой» — как живое слово, а не форма на русский лад.

Поскольку фамилия практически не встречается за пределами Ямало-Ненецкого автономного округа, её происхождение не вызывает споров. Связь с ненецким языком прямая и единственная. Никакой славянской этимологии у неё нет. Встречается написание с одной «н» — Яптуне, но это скорее искажение при переписи, чем вариант нормы. В паспортах и свидетельствах о рождении коренных жителей Ямала фамилию пишут строго через «э» на конце, что сохраняет её исконное звучание.