Фамилия Япуджян — яркий пример армянской модели образования фамилий, и её разговор стоит начать именно с суффикса. Конечное -ян (в старой орфографии -янц) — это самый распространённый патронимический суффикс в армянском языке, означающий «принадлежащий к роду такого-то» или «потомок». Фамилия Япуджян, таким образом, дословно переводится как «из рода Япуда» или «сын Япуда».

Ключевой вопрос — что стоит в основе, то есть имя или прозвище Япуд. Это слово не имеет прямого и очевидного значения в современном литературном армянском языке. Скорее всего, это диалектное или искажённое имя. Наиболее правдоподобная версия связывает его с арабским или тюркским именем Якуб (араб. يعقوب, Ya‘qūb) — библейский Иаков, очень популярное имя на Ближнем Востоке и в Закавказье. В армянской среде оно могло видоизмениться до формы Япуд через характерные для разговорной речи замены и упрощения: «ку» перешло в «п», а конечное «б» оглушилось до «д». Если эта версия верна, то фамилия означает «потомок Якуба».

Вторая, менее распространённая гипотеза, пытается вывести корень из армянского слова «япул» (Յապուլ) — в некоторых диалектах так называли особый вид повозки или телеги. В таком случае прозвище Япуд мог получить извозчик, тележник или мастер по изготовлению повозок. Однако эта версия слабее: слово «япул» редкое, а переход «л» в «д» на конце нехарактерен для армянской фонетики.

Фамилия Япуджян не относится к числу широко распространённых. Её носители встречаются в основном среди армянских диаспор — в России, странах Ближнего Востока (Сирия, Ливан), а также в самой Армении. В исторических сословных списках Российской империи эта фамилия не фиксируется, что говорит о её сравнительно позднем оформлении или о том, что предки были мещанами или крестьянами, не попавшими в дворянские родословные книги.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит в одном ряду с такими, как Якубян, Якубов, Якубович — все они восходят к одному имени, но через разные языковые фильтры. Япуджян — это армянский вариант, который с течением времени утратил прозрачную связь с исходным именем, что и делает её этимологию неочевидной для неподготовленного читателя.