Фамилия Япукова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, перед нами женская форма фамилии Япуков, а она, в свою очередь, образована от мужского прозвища или имени Япук. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов/-ев, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Япуков).

Самая вероятная версия связывает основу «Япук» с диалектным или просторечным словом. В русских говорах, особенно на юге и западе, «япаться» или «япнуть» означало грубо «есть», «хватать ртом», «чавкать». Тогда Япуком могли прозвать неаккуратного едока, обжору или, наоборот, человека с быстрой, хваткой речью. Такие прозвища по физиологическим особенностям или манере поведения — обычное дело для русской антропонимии XVI–XVII веков.

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из тюркских языков. В некоторых тюркских наречиях «яп» означает «делать», «мастерить», а аффикс -ук может указывать на деятеля. Тогда Япук — это «мастер», «умелец», «делец». Эта гипотеза правдоподобна, если учесть, что фамилия могла возникнуть в регионах активного русско-тюркского контакта (Поволжье, Приуралье).

Суффикс -ов в основе указывает на то, что фамилия формировалась в среде великорусского крестьянства или посадских людей, а не в дворянской среде, где преобладали фамилии на -ский. Географически фамилия Япукова встречается крайне редко, в основном в единичных записях по Саратовской и Волгоградской областям, что косвенно поддерживает и южнорусскую диалектную, и тюркскую версии.

Словообразовательная модель проста: прозвище Япук + патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Япуко́ва, хотя в разговорной речи возможен перенос на первый. В любом случае, перед нами фамилия, которая крепко держится за конкретную, пусть и не самую возвышенную, человеческую черту или занятие.