Фамилия Ярдун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу указывает на нерусскую или искусственную основу. Скорее всего, перед нами фамилия, закрепившаяся в письменном виде без изменений, как прозвище или иноязычное имя.

Первый и самый вероятный путь — тюркское происхождение. В тюркских языках корень «яр» означает «обрыв», «крутой берег» или «овраг», а также может быть связан со словом «ярдым» — «помощь». Суффикс -ун/-ун в тюркских именах и прозвищах часто образует названия действующих лиц или признаков. Таким образом, Ярдун могло быть прозвищем человека, жившего у обрыва, или же, что менее вероятно, означать «помощник». В пользу этой версии говорит и то, что фамилии с корнем «Яр» (Яров, Ярцев) в русском языке есть, но форма без суффиксации — исключение, типичное для заимствований.

Вторая версия — искусственное церковное или семинарское образование. В духовных училищах XVIII–XIX веков ученикам нередко давали фамилии на латинский или греческий манер. Ярдун могло возникнуть от латинского «ardens» — «горящий», «пылающий», переосмысленного в русском произношении. Однако это лишь гипотеза, не подкреплённая массовыми примерами.

Географически фамилия встречается в единичных записях, в основном на юге России и в Поволжье — регионах, где исторически сильны тюркские влияния. Сословной привязки нет: Ярдуны могли быть и крестьянами, и мещанами. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её локальности и, возможно, позднем закреплении.

Словообразовательная модель проста: фамилия не склоняется по русским правилам словообразования, а представляет собой застывшую форму. Это типично для прозвищ, которые не успели обрасти суффиксами до того, как стали передаваться по наследству. Если искать аналоги, то фамилия Ярдун стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Балдун, Калдун или Тардун — все они имеют тюркские корни и сохранили исходный облик.