Фамилия Ярюкин образована от имени или прозвища Ярюка (Ярюк). Это краткая форма крестильного имени Иеремия, которое через греческое посредничество восходит к древнееврейскому Ирмияху — «возвышенный Богом». В русской народной среде имя Иеремия адаптировалось до форм Ерёма, Ярёма, Ярюк. Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с глаголом «яриться» — быть в ярости, злом возбуждении, но для фамилии на -ин такая мотивация встречается реже.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ярюкин буквально значит «сын Ярюки» или «из семьи Ярюки». В северных и центральных русских говорах фамилии на -ин характерны для слов с основой на -а, -я, поэтому модель Ярюка → Ярюкин вписывается в типичную словообразовательную схему XV–XVII веков.

Географически фамилия привязана к Поволжью и южнорусским областям. В переписях XVII–XVIII веков Ярюкины встречаются среди однодворцев и государственных крестьян Тамбовской, Пензенской и Саратовской губерний. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, скорее всего, были вольными землепашцами или служилыми людьми «по прибору», а не крепостными.

В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), Ярюкин — пример более редкой модели, где прозвищная или уменьшительная форма имени на -юк дала именно суффикс -ин. Сравните с однокоренными: Ерёмин, Ерёмкин, Ярёмкин. Ярюкин стоит в этом ряду как один из вариантов, сохранивших диалектное произношение имени.