Фамилия Яштубаева — редкая и географически привязанная к Северному Кавказу, а точнее к балкарскому и карачаевскому народам. Её основа — тюркское мужское имя Яштубай, которое образовано из двух корней: «яш» (молодой, юный) и «тубай» (вариант имени Тохтар, Токтар — «останавливающийся», «задерживающийся»). В буквальном смысле имя Яштубай можно перевести как «молодой стойкий» или «юный упорный». Это типичное для тюркской ономастики сложносоставное имя, где вторая часть часто указывает на качество или судьбу.

Суффикс «-ев» (в женском варианте «-ева») указывает на принадлежность: Яштубаева — дочь или жена человека по имени Яштубай. Такая модель словообразования (основа имени + суффикс) характерна для русских фамилий, которые возникали у нерусских народов при включении их в имперскую систему учёта. В данном случае это типичный пример «обрусения» кавказской фамилии: балкарские или карачаевские роды при переписях и метриках получали фамилии по имени предка, оформленные по русскому образцу.

Стоит обратить внимание на окончание «-ая» в женской форме. В мужском роде фамилия звучит как Яштубаев. Такое окончание (-ая вместо -ова) встречается у фамилий, записанных в женском роде по правилам русского языка XIX века, когда женщину часто фиксировали именно как «Яштубаева» (дочь Яштубая). В современных документах обе формы — Яштубаев и Яштубаева — употребляются строго по полу.

Географически фамилия почти не встречается за пределами Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. В других регионах России она единична и, скорее всего, связана с миграцией. Основной круг носителей — потомки балкарских таубиев (горских князей) или узденей (свободных крестьян), но точное сословное происхождение без генеалогического исследования установить сложно: имя Яштубай мог носить и знатный, и простой человек.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближайшие — Яштуганов, Яштуков, где первый корень «яш» тоже означает «молодой». Однако фамилия Яштубаева стоит особняком из-за редкого второго корня «тубай», который почти не встречается в других тюркских фамилиях России. Это делает её ономастически ценной: по ней можно изучать локальные особенности имянаречения у балкарцев в XIX веке.