Фамилия Яцнеко — редкий образец восточнославянской модели на -енко, но с нестандартной начальной частью. Суффикс -енко (в белорусской и украинской традиции) указывает на происхождение по отцу: «сын такого-то» или «потомок». Основа здесь — Яц-, что сразу отсылает к имени Яцко. Яцко — это обиходная форма от канонического имени Яков (древнееврейское Иаков, «держащийся за пяту» или «идущий по следу»). На украинских и белорусских землях имя Яков давало множество уменьшительных вариантов: Яцко, Яць, Яцунь. Фамилия Яцнеко, таким образом, означает «потомок Яцка» — то есть человека, которого в быту звали Яць или Яцко.

Особенность этой фамилии — редкость модели. Обычно от имени Яцко образуют фамилии Яценко, Яцков, Яцкевич. Вариант Яцнеко встречается гораздо реже, и это не случайная описка. Скорее всего, перед нами результат диалектного произношения или локальной традиции: в некоторых говорах сочетание «цн» могло возникнуть из «цк» (Яцко → Яцнеко) под влиянием патронимических форм с -н- (сравните: Иван → Иваненко, но Яцко → Яцненко). Либо же это вариант, где к основе Яц- добавили не просто -енко, а -неко — что тоже встречается в белорусских фамилиях (например, Михнеко, Гринеко).

Географически фамилия Яцнеко тяготеет к западу: скорее всего, её носители — выходцы из Беларуси или западных областей Украины (Полесье, Гродненщина, Волынь). В документах XIX — начала XX века она фиксируется единично, что говорит о её локальном бытовании. Сословного статуса по фамилии не определить: Яцнеко мог быть и крестьянином, и мещанином, но в дворянских родословных книгах она не встречается.

Спорных версий здесь немного. Альтернативное объяснение — связь с глаголом «яцать» (говорить ясно, чётко, или, наоборот, лепетать) — маловероятно, так как подобные прозвища обычно давали не по имени, а по поведению, и они редко оформлялись через -енко. Самое правдоподобное — это патроним от Яцко, с редкой, но объяснимой звуковой перестройкой.