Фамилия Яцупенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «маленький», «сын» или «потомок», в XVI–XVII веках стал главным маркером украинской фамильной системы, особенно на Левобережье и Слобожанщине. В основе фамилии лежит имя Яцуп — народная форма канонического имени Евтихий (греч. Eutychēs — «счастливый», «удачливый»). В украинском языке имя Евтихий дало целый ряд производных: Яцуп, Яцун, Яценко, Яцук. Яцупенко, таким образом, означает буквально «потомок Яцупа» или «маленький Яцуп».

Регионально фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Черкасской, Полтавской, Сумской, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Встречается она и на Кубани, и в Ростовской области. Носители фамилии изначально относились к крестьянскому или казацкому сословию: суффикс -енко в малороссийской среде часто указывал на свободное состояние, в отличие от великорусских фамилий на -ов, которые фиксировали принадлежность помещику. Прозвище Яцуп, от которого пошла фамилия, могло закрепиться за человеком не только по имени, но и по характеру — например, за весельчаком или удачливым человеком, поскольку имя Евтихий ассоциировалось с удачей.

С точки зрения словообразования интересно, что в фамилии Яцупенко двойной суффикс: -уп- (разговорное окончание имени) и -енко (патронимический). Это отличает её от более простых вариантов вроде Яценко, где основа усечена. Такая структура встречается реже и подчёркивает, что предок носителя звался именно Яцупом, а не Яцом или Яцком. В русских документах фамилию часто записывали с искажениями — Яцупенков или Яцупенко, что отражает попытку адаптировать украинскую модель к русской патронимической системе на -ов.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов с мягким знаком или чередований гласных. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Яцу́пенко, хотя в устной речи встречаются колебания. В целом, фамилия Яцупенко — это прозрачный и хорошо датируемый пример украинской ономастики, который без труда расшифровывается даже без специальных знаний: сын счастливого человека.