Фамилия Яусеев — редкий пример, где за привычным русским суффиксом -ев скрывается нерусская, скорее всего тюркская или финно-угорская, основа. В отличие от массы фамилий на -ов/-ев, образованных от православных имён (Иван — Иванов, Пётр — Петров), здесь мы имеем дело с прозвищем или именем, которое не входило в святцы.

Скорее всего, в основе лежит личное имя Яуся или Яусей. Его происхождение можно связать с тюркским корнем «яу» (jau) — «враг», «неприятель». В таком случае имя Яуся могло быть оберегом: родители нарекали ребёнка «врагом», чтобы отпугнуть злых духов, или же давали такое прозвище воину, «грозному для врагов». В тюркских языках есть и глагол «яу» со значением «воевать», «нападать», что также подходит для характеристики человека. Менее вероятна, но возможна связь с финно-угорскими языками, где встречаются похожие звуковые комплексы, но надёжных параллелей там нет.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Яусея» или «из рода Яусея». Форма Яусеев, а не Яусин, говорит о том, что исходное имя оканчивалось на согласный или -й (Яусей), а не на -а (Яуся). Это типичная модель для адаптации нерусских имён: булгарские, татарские, башкирские имена часто давали фамилии именно через -ов/-ев.

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Приуралья, где исторически смешивались славянские, тюркские и финно-угорские народы. Носители фамилии Яусеев могли быть выходцами из татарских, башкирских или чувашских крестьян, перешедших в православие и получивших фамилию по отцовскому имени. Встречается она и у русских, но всегда с «памятью» о нерусском предке.

В написании фамилии возможны варианты: Яусеев и Яусев. Более полная форма с двойным -ее- (Яусеев) встречается чаще и точнее передаёт исходное имя Яусей. Встречается также редкое написание Яусиев, но это уже результат позднейшего искажения или влияния церковнославянских форм имён.