Фамилия Явахунов — редкий случай, когда основа и суффикс ведут в разные языковые традиции. На первый взгляд, фамилия кажется тюркской, с характерным окончанием -ов, но её корень стоит разобрать отдельно. Самая вероятная версия: в основе лежит имя Явахун, которое можно разделить на две части. Первая — «ява» — в тюркских языках (особенно в татарском, башкирском, казахском) означает «враг», «чужак», «недруг». Вторая часть — «хун» — восходит к персидскому «хун» (кровь) или к тюркскому «кун» (день, солнце). Сложносоставное имя Явахун могло означать «враг крови» или «кровный враг» — такое прозвище давали воину, мстителю или человеку, которого опасались. В тюркской антропонимике подобные имена с отрицательной коннотацией нередко давали как оберег: считалось, что злое имя отпугнёт злых духов.

Модель образования фамилии — русская: суффикс -ов присоединился к основе Явахун. Это типично для фамилий, которые возникли у тюркских народов в период вхождения в состав Российской империи. Фамилию могли получить при переписи или введении обязательных паспортов в XIX веке, когда отчество или прозвище отца записывали как фамилию. То есть Явахунов — буквально «сын Явахуна».

Есть и более простая версия, без воинственного подтекста. В некоторых диалектах тюркских языков «ява» могло означать «тихий», «спокойный» (от «яваш»). Тогда имя Явахун толковалось бы как «спокойный день» или «мирный человек». Но эта гипотеза менее вероятна: форма «ява» в значении «тихий» обычно встречается в составе «яваш», а не как самостоятельная часть.

Географически фамилия Явахунов тяготеет к регионам с тюрко-персидским языковым влиянием — к Татарстану, Башкортостану, северному Кавказу, а также к среднеазиатским республикам. В современной России фамилия встречается редко, что подтверждает её локальное происхождение: скорее всего, она возникла в одном конкретном селе или роду и не получила широкого распространения.

Из-за редкости фамилии в открытых источниках почти нет данных о сословной принадлежности носителей. Можно предположить, что предки были крестьянами или казаками, но это лишь догадка. Главное, что фамилия сохранила память о необычном имени с двойным смыслом — то ли оберега от врагов, то ли прозвища воина.