Фамилия Яйкококо — редчайший случай в русской ономастике. На первый взгляд она кажется искусственной или шуточной, но её структура поддаётся разбору. В ней отчётливо выделяются три части: корень «яйк-», повторяющийся слог «ко-» и окончание, типичное для русских фамилий на -о. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а русифицированная форма иноязычного прозвища или топонима.

Наиболее правдоподобная версия связывает основу «Яйк» с тюркским названием реки Урал — Яик. До восстания Пугачёва река называлась именно Яиком, а после 1775 года её переименовали, чтобы стереть память о бунте. Прозвище Яик или Яйко могли дать человеку, пришедшему с берегов этой реки, либо казаку-яицкому. Удвоение «коко» в фамилии — редкий, но возможный приём народной этимологии или шутливого удлинения прозвища. В русских говорах встречались фамилии с повторяющимися слогами (например, Кококо), но Яйкококо — почти уникальный гибрид.

Вторая версия, менее вероятная, отталкивается от слова «яйцо». В этом случае «Яйко» — диалектная или уменьшительная форма (сравните «яйко» в украинском и южнорусских говорах). Двойное «коко» могло возникнуть как звукоподражание (подзывание кур) или как прозвище человека, связанного с торговлей яйцами. Однако в русской фамильной традиции суффикс -ин (Яйкин, Яичников) встречается чаще, чем повтор корня.

Поскольку фамилия не зафиксирована в массовых переписях и классических словарях (Унбегаун, Никонов, Веселовский), её носители — скорее всего, потомки единичного рода. Возможно, фамилия возникла в среде яицких казаков или в переселенческих общинах, где прозвище закрепилось в письменной форме с ошибкой писаря или нарочитым юмором. Сословная принадлежность предков — вероятнее всего, казачья или крестьянская, без дворянских корней.